1933年1月30日,希特勒被任命为德国总理,德国纳萃冲锋队的游行队伍从勃兰登堡门通过,庆祝希特勒上台掌权,开始了纳萃的统治。????1945年第二次世界大战进入最后关头,勃兰登堡门在柏林战役中遭到严重损坏,它周围的建筑都被炸毁。

苏联红军穿过勃兰登堡门攻入柏林,攻克了希特勒的地堡和德国国会大厦,宣告了德意志第三帝国的灭亡。当苏联士兵在勃兰登堡门胜利女神像上撑起红色旗帜的时候,德国士兵用大炮轰击,胜利女神雕像受到严重损毁,仅剩下一只马头,如今保存在柏林市博物馆的展览厅内。现今勃兰登堡门上的雕像是二战后重新铸造的。

第二次世界大战德国战败后,分裂为东德和西德,柏林也被分为东柏林和西柏林,东柏林由苏联占领,西柏林由美国、英国和法国占领。勃兰登堡门属于东柏林管辖。????1956年9月21日,柏林市自治政府决定修复勃兰登堡门,虽然东柏林和西柏林当时仍相互敌对,但是在勃兰登堡门的重建工程中却合作很好,东、西柏林的文物修复专家根据在二战中抢救下来的石膏模型和档案照片重新铸造了一套驷马战车及女神雕像。

于1957年12月14日重建完工,东柏林市政大会决定将雕像上的铁十字勋章和鹰鹫撤下,认为它们代表普鲁士的军国主义。
1961年8月13日柏林墙开始建造,东柏林和西柏林的市民不被允许自由穿越边界。柏林墙从西侧广场将勃兰登堡门围住,它虽属东柏林,但是由于正好处于隔离区中央,无论从西侧还是东侧都无法通过,只有东德边境士兵才能够登上勃兰登堡门。

20世纪80年代初,当时的西柏林市市长魏茨泽克曾说过:“只要勃兰登堡门还关着,德国统一问题就没有解决”。
1984年起魏茨泽克担任德国联邦总统,5年后又连任一届,勃兰登堡门在他的第二个任期内最终得以重新开放。
1987年6月12日,美国总统里根在勃兰登堡门前发表著名的演说:“戈尔巴乔夫总书记,如果你要寻求和平,如果你要为苏联和东欧寻求繁荣,如果你要寻求自由:就到这扇门来吧!戈尔巴乔夫先生,打开这扇门!戈尔巴乔夫先生,拆除这堵墙!”
勃兰登堡门同柏林墙一起,分隔了东西柏林人民近半个世纪,也见证了德国近半个世纪的分裂。